Reformačné myšlienky sa do Kremnice dostali veľmi rýchlo – necelý rok od Lutherovho vystúpenia vo Wittenbergu 31. októbra 1517. Bolo to najmä vďaka živým obchodným vzťahom medzi Nemeckom a banskými mestami na území našej krajiny. Šíreniu reformácie dopomohol aj fakt, že do dolnouhorských banských miest stále prichádzali vysťahovalci z Nemecka, hlavne zo Saska.
Podľa zápisnice z vizitácie farára Karola Raaba už v roku 1518 boli v Kremnici „schizmatici“, ktorým panovník bránil kupovať nehnuteľnosti. Od roku 1521 do roku 1525 sa na území Kremnice a ostatných okolitých banských miest zdržiaval horlivý Lutherov prívrženec a učiteľ Conrad Cordatus a spolu s ním aj prvý nemecký kňaz reformačného ducha Ján Kreisling. Aj preto považujeme rok 1521 za rok založenia Evanjelického cirkevného zboru a. v. v Kremnici.
Dolnouhorské mestá (Kremnica, Banská Štiavnica, Banská Bystrica, Pukanec, Nová Baňa, Ľubietová) boli už v 15. storočí združené do istej konfederácie. Mali spoločné súdy, rovnaké dane, vojenské záležitosti, snemy a pod. Okrem toho však mali aj spoločných nepriateľov, vrátane cirkevnej vrchnosti, ktorá bránila šíreniu reformácie v týchto mestách. V snahe o riešenie cirkevných otázok a problémov, no predovšetkým o zjednotenie bohoslužobného poriadku, vznikla potreba spoločného stretnutia banských miest dolného Uhorska. Predstavitelia mesta Banská Štiavnica listom zo dňa 29. júla 1536 naliehali na Kremnicu, v tom čase hlavné banské mesto, aby na základe Písma svätého vytvorili jednotnú bohoslužbu a jednotný cirkevný poriadok. Toto stretnutie sa pokladá za prvú evanjelickú synodu, aj keď ešte nie v tom zmysle, aký synode dala neskôr Žilinská synoda v roku 1610. V tomto období zároveň vzniká aj Banskomestský seniorát.
Hlavnými bodmi, na ktorých sa Kremnická synoda v roku 1536 uzniesla, boli okrem iného tieto:
- spasenie človeka sa zakladá jedine na viere a nie na dobrých skutkoch
- celkom nič neprospievajú zásluhy svätých a naše uctievanie svätých
- nie je potrebná spoveď , ktorú nazývajú ušnou
- nič neprospeje nemocným sväté pomazanie a olej
- Večeru Pánovu má prijímať obyčajný ľud pod obojakým spôsobom
- kňazi, patriaci do troch svätých rádov, môžu slobodne uzatvárať manželstvá...
To boli hlavné zásady, podľa ktorých sa spravovala Banská mestská jednota.
Z ďalších dejín sa dozvedáme, že vplyvom reformačných kazateľov sa všetky kremnické kostoly dostávajú do rúk evanjelikov. Po protihabsburských povstania sa situácia skomplikovala a chrámy boli v roku 1673 z rúk evanjelikov odobraté. S menšími prestávkami (1678, 1683) boli opäť správcami niektorých kostolov, no definitívne im boli odňaté v roku 1709.
V roku 1682 bola na pozemku a zrejme aj s finančným prispením rodiny Hellenbachovcov, postavená dvojpodlažná modlitebňa, ktorá sa nachádzala na miestach súčasného evanjelického chrámu. Podľa vyjadrenia Jána Kollára, ktorý v Kremnici študoval, murované prízemie slúžilo slovenským evanjelikom, drevené nadzemné podlažie zasa nemeckým.
Začiatkom 19. storočia bol murovaný objekt s drevenou nadstavbou – modlitebňou v takom úbohom stave, že hrozilo jeho zrútenie. Preto kremnický mešťanosta, inšpektor kremnickej evanjelickej cirkvi Ján Gottfried Freiseisen v roku 1819 prišiel na zborovom konvente s návrhom postaviť nový kostol.
V tom čase sa počet evanjelických veriacich pohyboval okolo čísla tisíc. Keďže väčšinu z nich tvorili chudobní baníci a ich rodiny, podujať sa na takúto stavbu bolo finančné temer nemožné. V auguste v roku 1822 však Kremnicu navštívil uhorský palatín a miestodržiteľ vojvoda Jozef s manželkou wűrttemberskou princeznou Máriou Dorotheou. Tá si všimla schátranú modlitebňu, navštívila miestneho farára Jána Dobryka, a rozhodla sa pomôcť. Finančnú hotovosť, ktorú Mária Dorothea darovala, bola inšpiráciou pre ďalších darcov a impulzom pre viacerých popredných a zámožnejších predstaviteľov mesta. Už 1. mája 1823 bol posvätený základný kameň kostola a 1. októbra 1826 bol kremnický chrám Boží vysvätený superintendentom Adamom Lowichom. Realizátorom a s najväčšou pravdepodobnosťou aj projektantom celej stavby bol banskoštiavnický mestský murársky majster Franz Hauser.